電解水氫氣發生器制氫后需要經過凈化才能使用，在氣相色譜法中，氫氣的主要用途是：一方面，氫氣被用作載氣，用于氣相色譜分析，以分離和分析樣品；另一方面，當使用毛細管柱進行分析時，通常需要使用與載氣相同的氣體作為補充氣體。另外，當使用FID，FPD和NPD作為檢測器時，需要使用氫氣作為燃料，并燃燒空氣以提供火焰。另外，當儀器使用重整器時，額外的氫氣用作反應氣體，與CO和CO2反應生成甲烷。

　　一般而言，堿性電解質在電解水氫氣發生器的電解池中被電解后，濕氫進入氣液分離器以分離氫。從電解池中電解出氫氣后，需要對其進行純化，然后才能提供氫氣。當使用氣相色譜儀時，常用的純化方法主要如下：
 

　　1、硅膠/分子篩純化系統

　　硅膠和分子篩純化系統是氫氣發生器常用的純化裝置。一般而言，硅膠用于室溫下的初步脫水，并且分子篩進一步脫水。由于硅膠價格便宜且易于活化和再生，因此應將其用作廣泛使用的脫水方法。需要注意的是，硅膠吸收水分后，會從天藍色變成粉紅色，應及時更換。

　　2、變壓吸附純化系統

　　變壓吸附純化方法也用于制氮機，變壓吸附（PSA）是用于氣體分離的技術。變壓吸附（PSA）技術的基本原理是在不同壓力下對不同物質使用不同的吸附劑和不同的吸附能力，以達到氣體分離的目的。基本過程是吸附劑在高壓下吸收氣體中的雜質，目標氣體（H2）的吸附量相對較小，并通過吸附層成為所需的產物氣體。然后在低壓下，吸附的雜質氣體被解吸出來。重復該過程，終獲得足夠量的產物氣（H2）。

　　3、鈀薄膜純化系統

　　電解水氫氣發生器除了上述兩種純化方法外，一些制造商還提供使用鈀薄膜的純化系統。基本原理是僅在高溫下使用氫原子來穿穿滲透的鈀銀合金膜進行凈化。當氫原子穿透鈀-銀合金膜時，在鈀膜的另一側，單原子氫重組為雙原子氫。